두 버젼 사이의 다른 파일 분류

안녕하세요?

현재 2개 버젼을 관리 중인데요.
2개 버젼에서 서로 다른 파일들만 별도의 폴더에 copy할 수 있는 방법이 있나요?

즉, Folder1 과 Folder2가 있습니다.
Folder1에서 Folder2와 비교하여 다른 파일은 Diff_Folder1에
Folder2에서 Folder2와 비교하여 다른 파일은 Diff_Folder2에 각각 복사하고 싶습니다.
그리고 Folder1/2 밑에는 각각 수 백개의 sub folder가 있습니다.

GIT로 관리되고 있지 않고 단지 코드만 있습니다.

선배 및 많은 전문가 분들의 도움 부탁드립니다.

감사합니다.